Professionnels de santé libéraux : arrêt de travail et caisses

Infirmière, masseur-kinésithérapeute, médecin, chirurgien-dentiste, sage-femme, orthophoniste… Quand on soigne les autres en libéral, on pense rarement à sa propre protection en cas d'arrêt. Elle repose pourtant sur deux organismes successifs, aux règles différentes. Ce guide vous aide à savoir qui vous indemnise, à partir de quand, et ce que vous devez faire.

Le régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés

Si vous exercez en libéral et avez adhéré à la convention avec l'Assurance maladie, vous relevez en principe du régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés (PAMC). Il concerne :

• les médecins (secteur 1, et secteur 2 si l'option a été prise à la première installation) ;
• les étudiants en médecine remplaçants, sous conditions ;
• les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes ;
• les auxiliaires médicaux : infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, orthophonistes, orthoptistes, pédicures-podologues.

Vos frais de santé sont remboursés aux mêmes conditions que tout assuré. Votre retraite complémentaire relève d'une caisse propre à votre profession : la CARMF pour les médecins, la CARCDSF pour les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes, la Carpimko pour les auxiliaires médicaux. Ce sont aussi ces caisses qui prennent le relais en cas d'arrêt long.

Premier temps : la CPAM, du 4e au 90e jour

Depuis le 1er juillet 2021, l'Assurance maladie verse des indemnités journalières aux professionnels libéraux, PAMC compris :

• condition : au moins 12 mois d'affiliation continue au titre de l'activité ;
• carence : 3 jours, l'indemnité est due à partir du 4e jour ;
• durée : 90 jours d'arrêt au plus, soit 87 jours indemnisés ;
• montant : 1/730e du revenu annuel moyen des 3 années civiles précédentes, plafonné ; au 1er janvier 2026, l'indemnité maximale est de 197,51 € bruts par jour.

Pour le détail du calcul et des démarches, voir Arrêt maladie d'un indépendant : quelles indemnités journalières ?.

Second temps : la caisse de votre profession, à partir du 91e jour

Montants publiés par chaque caisse pour 2026, à vérifier chaque année. Pour la Carpimko, l'allocation journalière versée à partir du 91e jour d'arrêt total est de 55,44 € bruts par jour au 1er janvier 2026, avec des majorations possibles (par exemple 8,06 € par jour par descendant à charge), au plus tard jusqu'au dernier jour de la 3e année d'incapacité.

Médecins : ce que précise la CARMF

• Il faut être à jour de ses cotisations au moment de l'arrêt.
• L'arrêt doit être déclaré dans les 2 mois ; sinon, l'indemnisation ne court qu'à partir du 31e jour suivant la déclaration, sauf dérogation.
• La CARMF conseille de déclarer même un arrêt qui semble devoir durer moins de 90 jours.
• Après 62 ans, les montants diminuent avec la durée de l'arrêt.

Dentistes et sages-femmes : ce que précise la CARCDSF

• Il faut être cotisant, à jour de ses cotisations et inscrit à l'Ordre.
• La déclaration se fait par lettre recommandée avec accusé de réception, au plus tard 90 jours après la fin des 90 premiers jours d'arrêt ; une déclaration tardive ne donne droit qu'à partir du premier jour du mois suivant sa réception.

Auxiliaires médicaux : ce que précise la Carpimko

• Du 3e au 90e jour, seule la CPAM est compétente : c'est à elle qu'il faut envoyer les justificatifs.
• Au-delà de 90 jours, l'arrêt se déclare à la Carpimko, dans votre espace personnel.

Pharmaciens, vétérinaires et autres professions libérales réglementées relèvent d'autres caisses : demandez à la vôtre ce qu'elle prévoit après 90 jours d'arrêt. La CAVP (pharmaciens) précise par exemple que les indemnités des 90 premiers jours sont versées par la CPAM et qu'elle n'intervient pas dans cette gestion.

Les accidents du travail : un angle mort

Le régime des PAMC ne couvre pas automatiquement les accidents du travail, les maladies professionnelles ni les accidents de trajet. Vos soins restent remboursés aux taux habituels. Une assurance volontaire peut être souscrite auprès de votre caisse d'assurance maladie : voir Accident du travail d'un indépendant : êtes-vous couvert ?.

Maternité et paternité

Le régime prévoit des indemnités spécifiques pour la maternité, la paternité et l'accueil de l'enfant, l'adoption et les arrêts liés à des difficultés de grossesse. Voir notre guide Congé maternité d'une indépendante. Selon l'Assurance maladie, les praticiennes et auxiliaires médicales conventionnées ont des règles propres : une allocation forfaitaire de repos maternel et des indemnités journalières, à condition notamment de justifier de 10 mois d'affiliation à la date prévue de l'accouchement et de cesser toute activité pendant au moins 8 semaines, dont 6 après l'accouchement.

Ce que votre mutuelle fait, et ne fait pas

Votre mutuelle rembourse vos soins pendant l'arrêt comme à tout moment. Elle ne compense ni les 3 jours de carence, ni l'écart entre vos revenus et les indemnités, ni vos charges professionnelles (loyer du cabinet, remplaçant…). C'est le rôle d'une prévoyance, à choisir en tenant compte de ce que versent déjà la CPAM et votre caisse. Voir Mutuelle et prévoyance : quelle différence ? et, pour la fiscalité, Mutuelle Madelin.

À retenir
Du 4e au 90e jour : la CPAM (12 mois d'affiliation, 3 jours de carence, 197,51 € bruts par jour au plus en 2026).
À partir du 91e jour : Carpimko, CARMF ou CARCDSF selon votre profession.
Déclarez l'arrêt aux deux organismes, dans leurs délais.
Accidents du travail : pas de couverture automatique, pensez à l'assurance volontaire.

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