Arrêt maladie d’un indépendant : quelles indemnités journalières ?

En arrêt maladie, un travailleur indépendant peut percevoir des indemnités journalières de l’Assurance maladie s’il est affilié depuis au moins 12 mois. Elles sont versées à partir du 4e jour et calculées sur les revenus des 3 dernières années, avec un plafond. La mutuelle, elle, rembourse vos soins : elle ne remplace pas vos revenus.

Écrit par: Constance
Relu par: Henri Elfassy
Mis à jour le: 9 novembre 2026

L’essentiel en bref

Il faut en principe 12 mois d’affiliation continue comme indépendant pour toucher des indemnités journalières.
Elles commencent au 4e jour d’arrêt (3 jours de carence) et valent 1/730e du revenu annuel moyen des 3 dernières années.
En 2026, l’indemnité est plafonnée à 65,84 € bruts par jour pour un artisan ou un commerçant, et à 197,51 € bruts pour un professionnel libéral.
Avec des revenus faibles, l’indemnité peut être nulle ; la mutuelle ne compense pas une perte de revenus, c’est le rôle d’une prévoyance.

Quand on est indépendant, un arrêt de travail signifie souvent un arrêt des revenus. L'Assurance maladie verse des indemnités journalières (IJ) aux artisans, commerçants, professionnels libéraux et micro-entrepreneurs, mais leurs règles sont moins connues que celles des salariés. Ce guide fait le point, avec les montants publiés par l'Assurance maladie pour 2026.

Qui verse les indemnités journalières des indépendants ?

Depuis la suppression du RSI, c'est l'Assurance maladie (votre CPAM, ou CGSS en outre-mer) qui gère la couverture santé des travailleurs indépendants. Les cotisations sont collectées par l'Urssaf. Deux grands cas existent :

les artisans, commerçants, ainsi que les micro-entrepreneurs (depuis 2018) et les professions libérales non réglementées (depuis 2019), qui suivent les mêmes règles ;
les professions libérales réglementées (relevant de la CNAVPL), indemnisées par l'Assurance maladie depuis le 1er juillet 2021 pendant 90 jours au plus. Les professionnels de santé libéraux ont des règles propres au-delà : voir Professionnels de santé libéraux : arrêt de travail et caisses.

Les avocats ne sont pas concernés : ils disposent d'une assurance obligatoire d'indemnités journalières propre à leur profession.

Les conditions à remplir

Pour percevoir des IJ, vous devez :

justifier d'au moins 12 mois d'affiliation continue au titre de votre activité ;
avoir un arrêt de travail prescrit par un médecin ;
cesser votre activité pendant l'arrêt.

Si vous n'avez pas encore 12 mois d'affiliation, par exemple parce que vous venez de créer votre entreprise, un arrêt peut éventuellement être indemnisé au titre de votre activité précédente (maintien de droits) : renseignez-vous auprès de votre CPAM.

Le délai de carence

Les IJ ne sont pas versées pendant les 3 premiers jours de chaque arrêt : elles sont dues à partir du 4e jour. Il n'y a pas de nouvelle carence dans certains cas, notamment pour une prolongation après une reprise d'activité de 48 heures au plus.

Comment est calculée l'indemnité ?

L'indemnité journalière est égale à 1/730e du revenu d'activité annuel moyen (« Raam ») des 3 années civiles précédant l'arrêt, c'est-à-dire les revenus sur lesquels vous avez cotisé.

Micro-entrepreneur : le revenu retenu est votre chiffre d'affaires, diminué d'un abattement forfaitaire de 71 % (vente de marchandises), 50 % (prestations de services commerciales ou artisanales) ou 34 % (activités libérales).

Les montants publiés pour 2026

	Artisan, commerçant, micro-entrepreneur, libéral non réglementé	Profession libérale réglementée
Revenu pris en compte	Plafonné à 48 060 € (1 plafond de la Sécurité sociale)	Plafonné à 3 fois 48 060 €
IJ maximale	65,84 € bruts par jour	197,51 € bruts par jour
IJ nulle	Si le revenu annuel moyen des 3 ans est inférieur à 4 582 € (arrêt commençant en 2026)	Selon la CAVP (pharmaciens), il faut un revenu au moins égal à 10 % du plafond de la Sécurité sociale, soit 4 806 € en 2026 : à confirmer auprès de votre caisse
Durée	À demander à votre caisse (non précisée sur la page de l’Assurance maladie)	90 jours d'arrêt au plus (87 jours indemnisés)

Exemple fictif : une artisane dont le revenu moyen cotisé sur 3 ans est de 36 500 € percevrait 36 500 / 730 = 50 € bruts par jour, à partir du 4e jour d'arrêt.

Les IJ sont soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %), et à l'impôt sur le revenu, sauf dans certains cas d'affection de longue durée.

Revenus faibles : attention

Avec un petit chiffre d'affaires ou des débuts d'activité difficiles, l'indemnité peut être très faible, voire nulle. Si vos revenus ont été exceptionnellement bas, une demande de réétude de votre dossier est possible auprès de l'Assurance maladie (téléservice demarches-simplifiees.fr).

Les démarches

Votre médecin transmet en principe l'arrêt en ligne.
S'il vous remet un formulaire papier (obligatoirement le formulaire sécurisé depuis le 1er juillet 2025, les photocopies sont refusées), envoyez les volets 1 et 2 à votre CPAM sous 48 heures.
Conservez le volet 3, ou envoyez-le à France Travail si vous percevez ou pouvez percevoir l'allocation des travailleurs indépendants (ATI).
Une première prescription est limitée à 31 jours, une prolongation à 62 jours, sauf justification ; en téléconsultation, l'arrêt est limité à 3 jours, sauf exceptions.

Et la mutuelle dans tout ça ?

La mutuelle (complémentaire santé) rembourse vos frais de santé : consultations, médicaments, hospitalisation. Elle ne verse pas d'argent pour compenser l'arrêt de votre activité. Pour cela, il faut une prévoyance : un contrat qui peut verser des indemnités complémentaires pendant un arrêt, une rente en cas d'invalidité ou un capital en cas de décès. Voir Mutuelle et prévoyance : quelle différence ?.

Sous conditions, les cotisations de certains contrats de santé et de prévoyance d'un indépendant peuvent être déduites du bénéfice imposable : voir Mutuelle Madelin : principe et conditions.

Et en cas d'accident du travail ?

Le régime des indépendants ne couvre pas automatiquement les accidents du travail et maladies professionnelles. Une assurance volontaire existe : voir Accident du travail d'un indépendant : êtes-vous couvert ?.

À retenir
12 mois d'affiliation continue, un arrêt prescrit et l'arrêt de l'activité : les trois conditions des IJ.
3 jours de carence, puis 1/730e du revenu annuel moyen des 3 dernières années.
Plafonds 2026 : 65,84 € bruts par jour (artisan, commerçant), 197,51 € (libéral réglementé, 90 jours au plus).
La mutuelle rembourse vos soins ; seule une prévoyance compense la perte de revenus.

Pour votre complémentaire santé, comparez les offres adaptées à votre statut : artisan, commerçant, auto-entrepreneur, profession libérale ou TNS, sans aucune question sur votre santé.

Les mots de ce guide, expliqués

Affection de longue durée: Une affection de longue durée (ALD) est une maladie qui demande un traitement prolongé et coûteux. Quand elle est « exonérante », les soins liés sont pris en charge à 100 % du tarif de la Sécurité sociale, sans ticket modérateur ; les dépassements d’honoraires, le forfait hospitalier, la participation forfaitaire et les franchises restent dus.
Délai de carence: Période qui suit la souscription pendant laquelle certaines garanties ne sont pas encore versées. Selon le contrat, elle va de quelques jours à 12 mois ; en cas d’accident, les garanties sont en général dues dès la souscription.
Contrat Madelin: Contrat d’assurance de groupe souscrit par un travailleur indépendant, dont les cotisations sont déductibles de son bénéfice imposable dans des limites liées au bénéfice et au plafond annuel de la Sécurité sociale (article 154 bis du code général des impôts). Être couvert par un contrat Madelin permet aussi de demander une dispense de la mutuelle de son entreprise. À ne pas confondre avec le contrat retraite Madelin, qui n’est plus commercialisé depuis le 1er octobre 2020.
Prévoyance: Contrat qui couvre les risques liés au décès, à la dépendance, à l’invalidité et à l’incapacité de travail. Il ne rembourse pas les soins : c’est le rôle de la complémentaire santé.
CPAM: Caisse primaire d’assurance maladie : l’organisme du régime général qui gère vos remboursements et vos démarches (médecin traitant, hospitalisation…). Les assurés du régime agricole dépendent de la MSA.
CGSS: Caisse générale de sécurité sociale : en Guadeloupe, en Guyane, en Martinique et à La Réunion, elle gère notamment l’assurance maladie et maternité, les accidents du travail et la retraite des salariés.

Vos questions

Un auto-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui, depuis 2018, dans les mêmes conditions que les artisans et commerçants : 12 mois d’affiliation, arrêt prescrit, arrêt de l’activité. Le calcul part du chiffre d’affaires diminué d’un abattement forfaitaire ; avec un petit chiffre d’affaires, l’indemnité peut être très faible, voire nulle.

Combien de jours de carence pour un indépendant ?

Trois jours au début de chaque arrêt : les indemnités journalières sont dues à partir du 4e jour. Certaines situations, comme une prolongation après une reprise de 48 heures au plus, ne donnent pas lieu à une nouvelle carence.

Ma mutuelle peut-elle me verser des indemnités pendant mon arrêt ?

Une complémentaire santé rembourse des frais de santé, pas une perte de revenus. Les indemnités complémentaires pendant un arrêt relèvent d’un contrat de prévoyance, qui peut être souscrit séparément.

Je viens de créer mon entreprise : suis-je indemnisé en cas d’arrêt ?

Il faut en principe 12 mois d’affiliation continue comme indépendant. Avant, un arrêt peut éventuellement être indemnisé au titre de votre activité précédente : interrogez votre CPAM. Voir aussi notre page comparateur mutuelle créateur d’entreprise.